A1-AT-Mangel ist meist gleichbedeutend mit dem fortschreitenden Verlust der Lungenfunktion, wobei das Lungengewebe immer weiter unwiederbringlich zerstört wird. Aufgrund eines Gendefekts befindet sich in der Lunge zu wenig von dem Schutzprotein A1-AT. Den Betroffenen bleibt meist schon in jungen Jahren die Luft weg, sobald sie sich anstrengen. Die Atemnot beginnt häufig im Alter zwischen 30 und 40. Im weiteren Verlauf kann dann Husten mit Auswurf dazukommen und die Kurzatmigkeit zunehmen. Körperliche Aktivitäten belasten dann immer stärker. Da es schwere und leichte Verlaufsformen gibt, kann der A1-AT-Mangel bei den Betroffenen unterschiedlich stark auftreten. Es kann zu einer starken Ausprägung der Erkrankung mit einem raschen Verlauf kommen oder nur zu geringfügigen Symptomen, die die Lebenserwartung kaum beeinträchtigen.

Oft ist zum Zeitpunkt der Diagnose die Lunge infolge des A1-AT-Mangels schon so stark angegriffen, dass sich Bronchien irreversibel ausgeweitet haben (Bronchiektasen) oder schon ein sogenanntes Lungenemphysem vorliegt – eine besonders schwere Form der Lungenschädigung. Die Wände der Lungenbläschen, über die die Sauerstoffversorgung des Körpers stattfindet, werden zunehmend zerstört. Die Lungenbläschen erschlaffen und die eingeatmete Luft kann nicht mehr vollständig ausgeatmet werden. Da die Lunge somit ständig überbläht ist, können Menschen mit A1-AT-Mangel nicht mehr tief einatmen. Daher gelangt bei ihnen immer weniger Sauerstoff ins Blut

Neben Schäden an der Lunge können bei A1-AT-Mangel auch seltene Hauterkrankungen (Pannikulitis) und entzündliche Gefäßerkrankungen (Vaskulitis) vorkommen. Außerdem kann aufgrund des A1-AT-Mangels die Leber geschädigt werden. Die Bandbreite möglicher Leberschäden reicht von leichter Hepatitis über eine „Schrumpfleber“ (Leberzirrhose) bis hin zum Leberversagen. Von einer bereits im Kindesalter auftretenden lebensbedrohlichen Lebererkrankung sind etwa 3 bis 5 % aller A1-AT-Mangel-Patienten betroffen.